納米孔測序,是國際上最受人關注的第三代測序技術之一。其創(chuàng)新的電信號檢測和單分子長鏈測序,讓全世界的科研工作者翹首以待。做為納米孔技術的領跑者,英國牛津納米孔公司今年在全球選擇了幾家著名的實驗室,測試他們的樣機。我的兩個朋友,一個在美國新墨西哥大學,一個在University of Queenland,分別測試了牛津納米孔ONT。結論是:納米孔測序尚不成熟。
測序長度長
納米孔測序的測序最長可達到89kb,令人感到恐怖。也就是說,納米孔測序可以一次讀長就可以覆蓋大部分的病毒基因組了。對于很多小基因組,連組裝都省去了。納米孔的平均讀長可達4.3kb。毫無疑問這是迄今為止,所有測序儀中測序最長的。
測序錯誤率超高
35%,對,這就是納米孔測序的錯誤率。我剛開始看到這個數(shù)字的時候,還以為看錯了。但確實,平均10個堿基,就有3.5個測序錯誤。其中3%的插入錯誤,16%的刪除錯誤,16%的錯配。高達35%的錯誤率,意味著基因突變檢測成為納米孔測序的禁區(qū),也成為納米孔測序的致命弱點。
當前的納米孔測序未來有可能在哪些領域有優(yōu)勢呢?1,在細菌和病毒等病原體檢測方面,納米孔測序可以無需組裝就可以得到全基因組。2,利用長度長的優(yōu)勢,和二代測序結合,協(xié)助組裝基因組。
最后,我畫了一張圖,來比較目前的三個第三代測序技術。
很明顯,測序最準確的是Helicos平臺,測序最長的是Nanopore。三代測序要成為一個成熟的,可以在臨床廣泛使用的技術,還需要數(shù)年的優(yōu)化和提高。
作者:賀建奎