和2003年制定的《新疆維吾爾自治區(qū)重點實驗室管理辦法（試行）》相比，《辦法》提出了一系列有助于提升我區(qū)基礎研究和創(chuàng)新能力的辦法和舉措；更加明確了自治區(qū)科技廳、行政主管部門及依托單位的職責分工；同時指出重點實驗室實行“開放、流動、競爭、協(xié)同”的運行機制和“定期考評、動態(tài)調(diào)整、分類支持”的管理機制；增加了“重點實驗室建設與運行經(jīng)費由依托單位負責保障，各級財政統(tǒng)籌予以支持”的條款和“在國家科技計劃項目推薦及自治區(qū)各類科技計劃項目實施中，優(yōu)先支持有條件的重點實驗室”等扶持措施。

《辦法》對申報重點實驗室的條件進行了細化，在科研能力、人才隊伍、軟硬件條件、制度建設、配套支持等方面都提出了更明確的條件。

《辦法》強化了對重點實驗室的評估考核，明確了對考評結(jié)果分別處理的條款，考核方式以年度考核和定期評估相結(jié)合。評估為優(yōu)秀、良好的重點實驗室，給予運行經(jīng)費補貼，同等條件下申報自治區(qū)級科技計劃項目予以優(yōu)先支持；評估較差的，需限期整改，整改后評估仍較差的，撤銷重點實驗室資格。