生物安全實(shí)驗(yàn)室空氣消毒的常用方法有紫外線照射、化學(xué)消毒劑噴霧等。由于紫外線照射需要對被消毒物體表面或氣體進(jìn)行直接照射才有作用，對被遮擋的墻壁表面、地面、工作臺(tái)面等不能有效消毒滅菌，故在高等級生物安全實(shí)驗(yàn)室的終末消毒中基本采用氣體熏蒸消毒方式。近年來部分高等級生物安全實(shí)驗(yàn)室開始采用氣化過氧化氫（H2O2）進(jìn)行消毒。

甲醛氣體的消毒效果受環(huán)境溫度和濕度影響較大，消毒時(shí)需嚴(yán)格控制溫濕度在規(guī)定范圍內(nèi)。在溫度高于20℃時(shí)，甲醛氣體能夠殺死所有微生物及其孢子，但對朊蛋白沒有滅活性。甲醛消毒時(shí)間相對較長，并需要相對濕度達(dá)到70％左右。

甲醛熏蒸消毒因?yàn)榫哂袕V譜殺菌、使用方便和價(jià)格低廉等優(yōu)點(diǎn)，已成為國內(nèi)普遍的消毒、滅菌方法。但由于甲醛具有刺鼻的氣味，其氣體會(huì)刺激眼睛和黏膜，已被確認(rèn)具有致癌風(fēng)險(xiǎn)，消毒后需要中和，再進(jìn)行排風(fēng)換氣。因甲醛消毒后會(huì)有殘留，要注意擦拭去除物體表面的微量殘留。

過氧化氫具有廣譜、高效、速效、無毒、對金屬及織物有腐蝕性、受有機(jī)物影響大、純品穩(wěn)定性好、稀釋液不穩(wěn)定等特點(diǎn)?，F(xiàn)有產(chǎn)品中多添加其他成分來穩(wěn)定過氧化氫，增強(qiáng)其殺菌作用并降低其腐蝕性。過氧化氫消毒的主要優(yōu)點(diǎn)是干燥、作用快速、無毒、無殘留。

二氧化氯不同于一般的含氯消毒劑，其主要通過氧化而不是氯化發(fā)揮其消毒作用，從而避免消毒過程中產(chǎn)生有機(jī)氯化物，具有廣譜、高效、速效、對金屬有腐蝕性對織物有漂白作用、消毒效果受有機(jī)物影響大的特點(diǎn)。

通風(fēng)大系統(tǒng)消毒模其工作原理為：消毒工況下，關(guān)閉通風(fēng)空調(diào)系統(tǒng)的送、排風(fēng)機(jī)及送、排風(fēng)主管上的生物密閉閥，開啟旁通消毒風(fēng)管設(shè)置在送、排風(fēng)主管之間）上的生物密閉閥，啟動(dòng)消毒風(fēng)機(jī)（排風(fēng)機(jī)可兼作消毒風(fēng)機(jī)），在室內(nèi)或管道上發(fā)生或注入消毒劑氣體，系統(tǒng)循環(huán)運(yùn)行進(jìn)行消毒。

通風(fēng)大系統(tǒng)消毒模式在歐洲高等級生物安全實(shí)驗(yàn)室中應(yīng)用較多，在我國高等級生物安全實(shí)驗(yàn)室中應(yīng)用不是很多，但在我國獸用生物制品生產(chǎn)車間中應(yīng)用較多。我國首個(gè)四級生物安全實(shí)驗(yàn)室（中國科學(xué)院武漢病毒研究所四級生物安全實(shí)驗(yàn)室）采用了這種消毒模式。

密閉熏蒸消毒模式，其工作原理為：以實(shí)驗(yàn)室房間為單元，關(guān)閉送排風(fēng)機(jī)組、風(fēng)管密

閉閥和實(shí)驗(yàn)室門，使實(shí)驗(yàn)室處于密閉狀態(tài)，在房間內(nèi)發(fā)生消毒劑氣體或在房間外發(fā)生消毒劑氣體，通過專用消毒管道注入實(shí)驗(yàn)室。

國內(nèi)多家高等級生物安全實(shí)驗(yàn)室使用單位，發(fā)現(xiàn)存在的困惑是：當(dāng)采用密閉熏蒸消毒時(shí)，若存在多個(gè)核心工作間，當(dāng)沒有多個(gè)消毒設(shè)備可以同時(shí)進(jìn)行消毒時(shí)，消毒中、消毒后和未消毒的房間存在彼此污染的風(fēng)險(xiǎn)，甚至?xí)廴镜蹴?、外圍走廊等周圍環(huán)境。