中國科學(xué)家22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目(Earth Microbiome Project,EMP),并承擔(dān)核心工作。該項目旨在全面、系統(tǒng)地研究全球范圍內(nèi)的微生物群落的功能及進(jìn)化多樣性,以便更好地造福人類。
與以往的微生物研究有所不同,該項目的研究對象不僅僅集中于海洋和人體環(huán)境中微生物群落,還包括土壤、空氣、淡水生態(tài)系統(tǒng)等整個地球表面的絕大多數(shù)的微生物群落。該項目將對來自全球的20萬個樣本進(jìn)行環(huán)境DNA測序或者宏基因組測序從而建立一個全球性的基因圖譜。來自華大基因的中國科學(xué)家將會負(fù)責(zé)EMP亞洲地區(qū)所有樣本的收集和鑒定,并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序以及研發(fā)生物信息學(xué)分析流程所需的計算資源。這些信息學(xué)分析流程將為EMP產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)提供一個分析框架。
EMP的項目負(fù)責(zé)人、芝加哥大學(xué)和阿貢國家實驗室的教授Jack A. Gilbert博士說:“華大基因在測序能力、測序技術(shù)發(fā)展和信息分析等方面已展現(xiàn)出卓越的能力,EMP是一個前所未有的最大的基因組測序項目,作為全球最大基因組學(xué)研究中心的華大基因的參與是至關(guān)重要的,另外,華大基因?qū)茖W(xué)追求卓越的態(tài)度使其成為參與EMP的理想選擇?!?/P>
華大基因理事長楊煥明院士表示:“我們(華大基因)非常榮幸能夠作為主要參與者參加如此重要的研究項目。微生物對地球上所有的生命具有至關(guān)重要的作用而我們對微生物的復(fù)雜性和多樣性認(rèn)識不足,征服這個未知的領(lǐng)域是非常有必要的。華大基因擁有國際先進(jìn)水平的測序平臺和強大的生物信息學(xué)分析能力,我們相信我們可以為促進(jìn)人類對微生物群落的重要性的了解貢獻(xiàn)出價值和力量?!?/P>
在地球上,微生物無所不在,除非最為極端的環(huán)境,它們在酸性湖泊、深海、冰凍的地方和熱泉口都能夠生存。地球上的微生物要比其他已知星球上的多,但是,迄今為止,極度缺少對地球上復(fù)雜多樣的微生物研究。然而,高通量測序技術(shù)的應(yīng)用為探索微生物世界提供可前所未有的機會。與以前的微生物或微生物群體測序相比,EMP的提出將會帶來更加巨大的影響。該項目可以獲得大約500,000個重測的基因組,一個全球的代謝模型和一個所有信息可視化的數(shù)據(jù)分析入口,這將可以更好的描述每個生物群落的蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)及環(huán)境代謝模型。參與該項目的主要單位有華大基因(BGI)、美國阿貢國家實驗室、芝加哥大學(xué)、科羅拉多大學(xué)、勞倫斯-伯克利國立實驗室和美國基因能源聯(lián)合研究所。