下一代測序(NGS)技術(shù)是一項顛覆性的生物技術(shù)，它產(chǎn)生了海量的基因序列數(shù)據(jù)，需要依賴仔細的翻譯和解析轉(zhuǎn)化成與臨床相關且可操作的信息。
1月份在舊金山召開的摩根大通醫(yī)療健康大會(J.P. Morgan Healthcare Conference) 專門組織了一個由全球頂級NGS技術(shù)專家組成的關于“下一代測序(NGS)技術(shù)的科研應用與日益增長的臨床應用”的圓桌討論會。與會者一致認為：得益于分子診斷、分子標記物(biomarkers)和靶向治療技術(shù)的進展，下一代測序(NGS)技術(shù)發(fā)展速度驚人，應用領域日新月異并且富有成效，利用下一代測序(NGS)技術(shù)進行疾病預防和疾病診斷讓個性化醫(yī)療更上一層樓。
在圓桌會議討論過程中，來自基因藥物公司Invitae的創(chuàng)始人及首席執(zhí)行官Randy Scott首先打了個很有趣的比方：臨床基因組學技術(shù)終有一天會發(fā)展到今天的高清電視(HD)水平，現(xiàn)在我們應該為之雀躍，因為我們正處在這一產(chǎn)業(yè)發(fā)展的摩爾定律的起點(筆者備注：這是NGS發(fā)展最好的時代)。目前盡管我們的臨床基因組學技術(shù)離通向骨灰級別高清電視還有一段路要走，但是我們正在提供足夠“像素”的基因信息來供臨床醫(yī)生做出治療決策。
緊接著，來自10X Genomics公司的聯(lián)合創(chuàng)始人及總裁John Stuelpnagel表示，雖然自己從事的是基因組學方面的研究，但還沒有對自己進行基因測序。不過他既不是擔心費用問題，更不是擔心測序結(jié)果折射的遺傳信息帶來的顧慮;而是認為在這個領域，基因測序還不足以提供他所感興趣的服務。
X射線衍射法(X-ray)
坐落在美國西雅圖的Adaptive Biotechnologies公司的首席執(zhí)行官Chad Robins則認為，X射線衍射法廣闊的市場前景是一個令人難以置信的激動人心的美好畫面。Adaptive Biotechnologies公司主要用下一代測序技術(shù)(NGS)對編碼T細胞和B細胞受體的基因進行測序。Robins討論中如是介紹自己的公司，利用一種很特殊的類似“X—射線”(X—Ray)方法來檢測人體的應激免疫系統(tǒng)，從而了解、診斷和監(jiān)控罹患癌癥與自體免疫性障礙等疾病的病人的免疫反應。在他看來，免疫組庫測序是NGS最大的應用領域，針對不同疾病各個階段的免疫組庫測序幾乎可以直達每一個治療點，相關數(shù)據(jù)還可被用于監(jiān)測患有某些血癌的病人的復發(fā)情況。
位于紐約州Tarrytown鎮(zhèn)的Regeneron Pharmaceuticals 公司首席科學家George Yancopoulos也滿腔激情地跟與會者分享，下一代測序(NGS)技術(shù)能夠檢測個體患者針對不同療法的反應，這遠比對群體樣本測序有意義。Regeneron Pharmaceuticals公司基于對基因序列的興趣從事基因治療研究的理念，已經(jīng)在靶標驗證和藥物研發(fā)中處于行業(yè)領先地位。
他很篤信： 下一代測序(NGS)技術(shù)正處于蓬勃發(fā)展的關鍵轉(zhuǎn)折點， Regeneron公司作為這片藍海中的弄潮兒，引領了行業(yè)不斷進步的潮流。
據(jù)George Yancopoulos介紹，Regeneron目前已經(jīng)專門成立了針對疾病的早期基因診斷的全資子公司——Regeneron基因組學中心(RGC)，新公司將早期基因診斷、功能性基因組學、藥物開發(fā)整合成一個價值生態(tài)圈，為客戶提供全套的基因組學應用服務。
此外，他還提到，新公司RGC的主要目標是通過確定新的藥物靶點、臨床適應癥來改善患者的治療結(jié)果，并開發(fā)出相應的基因標記物及基因組學臨床診斷方案。
迄今為止，RGC已經(jīng)處理識別了10000多人的信息樣本，并利用云計算和新方法實現(xiàn)了每年50000個獨立樣本高質(zhì)量檢測通量。
Yancopoulos進一步解釋道，他們是整個行業(yè)里少數(shù)幾家從事人類基因組學與藥物療法相結(jié)合的公司之一，目前公司已經(jīng)有幾款在研藥(pipeline)處于后期臨床試驗。
顯而易見，從生物學的角度而言，基因測序不會成為藥物研發(fā)的絆腳石，而是推動者。
目前在人類基因組學與藥物療法方面最大的挑戰(zhàn)是對人類疾病基因序列調(diào)整(重排序)。這也正是Regeneron公司在去年1月份與Geisinger成立人類基因組學研究聯(lián)盟的原因。
在雙方合作展開的前5年里，Geisinger采集100,000多名志愿者患者，Regeneron公司通過新成立的子公司RGC對參與者進行測序以及數(shù)據(jù)處理和基因分型。這項研究的規(guī)模和范圍是為了讓基因信息和人類疾病之間的關聯(lián)性能得到更精確的識別和驗證。此外，由于Geisinger具有獨特的表型數(shù)據(jù)庫，Regeneron與他們合作可以很順利進行個人基因組數(shù)據(jù)分型。
基因組學網(wǎng)絡(Internet of genomics)
基因藥物公司Invitae的創(chuàng)始人及首席執(zhí)行官Randy Scott補充說，人類或許還沒有意識到基因網(wǎng)絡時代的到來，但是基因網(wǎng)絡時代已經(jīng)滲透到醫(yī)療健康領域。其中最典型的例子即Foundation Medicine公司，他們構(gòu)建了一個腫瘤學基因組數(shù)據(jù)庫。不久的將來，我們會將每一位患者的腫瘤基因組數(shù)據(jù)上傳到一個開源的數(shù)據(jù)庫，供全球臨床醫(yī)生共享訪問。
在監(jiān)管與合規(guī)方面，Adaptive Biotechnologies公司的Robins表示：相對于下一代測序(NGS)技術(shù)益處多多、形勢大好的局面，付費人群仍遠落后于當前的市場聲勢。
來自10X Genomics公司的Stuelpnagel也補充道：未來2到3年內(nèi)，基因檢測和下一代測序(NGS)市場會隨著用戶對醫(yī)學檢測的需求增加，將會出現(xiàn)更多觸手可及的便捷醫(yī)療設備，同時整個基因診斷的成本也會不斷下降。而公司作為下一代測序(NGS)市場生態(tài)圈中的主導者，必須在這個市場建立具有競爭優(yōu)勢的價值鏈，10X Genomics公司專注于從交付產(chǎn)品中提取更多的測序信息也是基于此條價值鏈考慮。
此外，Stuelpnagel還強調(diào)：如果基因檢測和下一代測序(NGS)服務被FDA過度監(jiān)管，這將會扼殺美國高新產(chǎn)業(yè)技術(shù)新一輪的創(chuàng)新。
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