SWATH™應用與BaseSpace®相結合，首次實現(xiàn)新一代蛋白質組學和新一代測序工具的綜合運用
2014年10月13日，中國北京 - 生命科學分析儀器技術發(fā)展的全球領導者AB SCIEX和Illumina（納斯達克：ILMN）今天聯(lián)合宣布雙方將針對OneOmics™項目開展獨家合作，將基于SWATHTM的新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）工具在云計算環(huán)境中結合使用。
AB SCIEX的SWATHTM蛋白質組學云工具套件應用將托管于BaseSpace中。這是Illumina專為推動基因組學分析而設立的應用庫和基于云的信息學社區(qū)。通過本次合作，BaseSpace將成為基因組學和蛋白質組學“大數(shù)據(jù)”的唯一存儲地點。利用快速安全而流暢的復雜多組學數(shù)據(jù)集分析，該解決方案將有助于推動生物標志發(fā)現(xiàn)，協(xié)助癌癥、糖尿病、老年癡呆癥和心臟病等疾病的研究。
系統(tǒng)生物學研究所所長Leroy Hood表示：“以AB SCIEX和Illumina雙方的精彩合作為契機，開展基因組學和蛋白質組學數(shù)據(jù)綜合分析，必將進一步推廣計算分析的應用面，實現(xiàn)數(shù)據(jù)分析的普及和標準化，并為生命科學的系統(tǒng)生物學領域提供一個平臺?！?/FONT>
采用獲得專利的AB SCIEX SWATHTM蛋白質組學軟件，用戶可在使用傳統(tǒng)“鳥槍法”蛋白質組學測量難以重現(xiàn)的不完整蛋白質集時，解決“丟失數(shù)據(jù)問題”。SWATHTM率先實現(xiàn)了針對多種樣本的可重復蛋白質組研究，并通過結合Illumina的NGS技術將進一步得到強化。
AB SCIEX總裁Rainer Blair表示：“SWATHTM軟件是一種創(chuàng)新型專利技術，基本無需研制新方法就能夠一次性檢驗數(shù)千個蛋白質。在與云應用結合后，我們的客戶處理數(shù)據(jù)的速度現(xiàn)可加快50倍。OneOmics項目將幫助組學研究取得更加理想的成效。我們已經(jīng)開發(fā)出四款SWATH應用，可支持蛋白質組學質譜分析數(shù)據(jù)的處理、分析和可視化，以挖掘生物奧秘?！?/FONT>
隨著NGP和NGS產(chǎn)生數(shù)量不斷增加的數(shù)據(jù)，雙方通過密切合作幫助安全地存儲、提取和管理大規(guī)模復雜數(shù)據(jù)集并在生物環(huán)境中對其進行可視化，進而突破生物醫(yī)學研究的瓶頸。蘇黎世瑞士聯(lián)邦理工學院（ETH）分子生物學研究所的Ruedi Aebersold博士兼教授表示：“借助該平臺，研究人員能夠更迅速高效地建立可預測、可測試且行之有效的疾病模型。本質上，它把生物系統(tǒng)多層次分析的重點從實驗室現(xiàn)場數(shù)據(jù)采集轉移到計算領域，在這里可從全球范圍共享大數(shù)據(jù)集?！?/FONT>
AB SCIEX SWATHTM云工具套件帶來了越來越多的BaseSpace應用，能夠從SWATH™蛋白質組學質譜分析數(shù)據(jù)挖掘出生物奧秘，具體包括：
Protein Expression Extractor – 用于處理原始質譜分析數(shù)據(jù)
Protein Expression Assembler – 用于蛋白質倍數(shù)變化分析
Protein Expression Browser –用于在生物環(huán)境中對結果進行可視化
Protein Expression Analytics –用于數(shù)據(jù)質量審核
Illumina公司發(fā)展高級副總裁兼企業(yè)信息學總經(jīng)理Nicholas Naclerio指出：“這些新蛋白質組學工具將系統(tǒng)生物學功能帶給BaseSpace，創(chuàng)建了一個基于云的易用型環(huán)境，有助于針對越來越多的應用快速完成數(shù)據(jù)分析?，F(xiàn)在，任何需要真正的跨學科系統(tǒng)級生物學信息的人都可以從BaseSpace中找到所需信息?！?/FONT>
BaseSpace應用提供的信息學解決方案能夠幫助客戶充分利用日益龐大的術、商業(yè)和開源提供商群體提供的工具。BaseSpace中現(xiàn)已提供AB SCIEX SWATH™蛋白質組學云工具套件，敬請訪問：www.basespace.com。
